GECAM科学应用系统在首席科学家的指导下开展工作，承担建立和完善地面科学数据的存储、处理、标定及分析工作，为仪器的科学运行提供参数更新等技术支持；协助科学家组织研究队伍，保证科学目标的顺利实现。主要工作流程如下所示：

GECAM科学应用系统主要工作流程

系统组成及功能：

GECAM科学应用系统由科学应用系统总体、科学运行分系统、科学数据处理分系统和科学研究支持分系统四部分组成。各部分的主要功能如下：

科学应用系统总体：组建并运行科学委员会日常工作组；协调联合观测，组织完成与其它卫星数据的联合分析；组织完成在轨测试；开展科普宣传。

科学运行分系统：完成有效载荷在轨监测，确定仪器工作参数，更新有效载荷工作参数和星上软件；管理和运行触发警报系统，快速响应爆发现象；制定有效载荷在轨测试计划。

科学数据处理分系统：完成科学数据产品生成和科学数据库建设，完成科学快视，快速发现爆发现象；完成爆发源的离线搜索等。

科学研究支持分系统：结合载荷性能，开展科学与观测模拟；完成数据分析软件开发，提供科学用户支持；提供综合信息服务平台，提供数据产品和分析软件的发布等。